，署下还设立十三个科级单位，他实在有些接受不了，劝谏道：
“陛下，如果都设正八品科长，京城需要的官员就太多了。”
“五个城区需要六十五名正八品官员，更别说还要设置副职。”
“这么多官员不说从哪里来，就是需要的俸禄，也不是个小数字。”
“全部由京城负担，压力实在太大。”
朱由检考虑了一下，觉得确实如此，遂道：
“那就改变区划，南城区暂时不变，中城区和北城区大体以承天门地安门这条中轴线划分，西边的归西城区，东边的归东城区，具体按道路通行情况和实际距离划分。”
“宫门由锦衣卫警卫司负责，接手原中兵马指挥司的军事工作。涉及官员和衙门的事情，各城区可以向警卫司求助，避免他们因为级别太低无法处理。”
“这样京城就剩下三个城区，以京城的人数看，每个城区都要管辖二三十万人，几乎相当于一些州府——”
“十三名正八品官员，一点都不算多。”
一个城区十三名科级官员，在朱由检看来当然并不算多。袁可立却不赞同，而且提出来一个问题：
“南京五城兵马司，要不要同样调整，设置这么多官员？”
“还有各地的大城池，以后要不要同样设立城区衙门，任命十三名官员？”
朱由检想了一下，觉得随着工业化和城市化的铺开，以后各个城池都有可能设立城区衙门。都设置十三名正八品官员，的确有些太多了。
所以他没有再整齐划一设置，把一些官职降低级别，改为正九品股级：
“政务署的人事科需要负责吏员录用和考核升降、财政科需要负责财务收支，这两科级别不能降。其余三科可以降为民政股、教化股、工商股，以正九品股长管理，仍旧独立负责相关事务。”
“廷尉署的提刑科和按察科也可以降为股，辅助好巡城御史工作即可。但正八品法庭不能降，因为有些鸡毛蒜皮的案件可能会递交到大理寺审判总署，三个城区的法庭需要分流那些案件。”
“卫尉署的治安科和刑侦科重要，不能降低级别。巡警科、消防科、卫生科改为巡警队、消防队、卫生队，同样降为股级。”
“这些科和股的主官，主要由进士和世官担任。进士主要是明法科和明算科的四五甲进士，以及这次审查阉党降级任用的进士。世官按世袭品级降三品任用，再根据功绩提升。原兵马司的官员，要酌情安排好职位。”
“科股的副职，以后看需要任命。可以招收通过司法考试、数算考试的举人监生担任从九品官员。也可以提拔做出功绩的优秀吏员。品官要回避原籍，而且定期调整职位。”
这样降了八个，十三个正八品官职变成五个正八品、八个正九品。而且因为五城兵马司合并后只剩下三个城区，总计需要十五名正八品官员、二十四名正九品官员。
这样总比最初的六十五名正八品官员容易接受，袁可立算了一下，觉得这个数字不会在地方引起很大非议。又想到自己要担任明法科主考官，明年的明法科进士不能全丢到地方，要安排些优秀人员做京官，最终表示赞同。
如此一来，京城东西南三城区和每个城区的三衙署也都定了下来。朱由检要求袁可立与三法司、卫尉寺、吏部官员一起，尽快完成五城兵马司改制，磨合三衙工作，以后推广到北直隶州府。
行政、司法、执法三权分立，以及专业化城市管理，将从京城开始。
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